Die Indianerstämme, die einst in der Anza-Borrego-Wüste lebten, hinterließen auf Felsblöcken und an Felswänden im gesamten Park Petroglyphen (Felszeichnungen) und Piktogramme (Bildzeichen). Diese frühen Künstler malten Mensch- und Tierfiguren, Sonnenkreise, Sterne und andere, abstraktere Zeichen. Viele dieser Zeichnungen markieren geweihte Orte, an denen die Indianer Initiationsriten praktizierten und Zeremonien abhielten.
Über fünfzig Stellen mit Felsbildkunst wurden in Anza-Borrego bisher entdeckt, doch um diese antiken Stätten zu schützen, gibt die Parkverwaltung nicht alle Fundstellen bekannt. Am einfachsten sieht man einige Felsenmalereien am Pictograph Trail im Little Blair Valley. Über die unbefestigte Straße zum Ausgangspunkt des Wanderweges kann man mit dem Pkw fahren, und auf der leichten Wanderung gelangt man zu Aussichtspunkten, von denen man Felsen sieht, die von den nomadischen Kumeyaay-Indianern möglicherweise schon vor 2.000 Jahren mit roten und gelben Zickzacklinien und Rautenformen verschönert wurden.
