Les tribus amérindiennes qui vivaient autrefois dans le désert d’Anza-Borrego ont laissé en héritage des pétroglyphes et des pictogrammes sur les roches et les falaises du parc. Ces artistes de jadis ont dessiné des êtres humains, des animaux, des soleils, des étoiles et de nombreux autres motifs abstraits. La plupart de ces dessins indiquent des lieux sacrés où étaient célébrés les rites de passage et les cérémonies.
Plus de 50 sites majeurs d’art rupestre ont été découverts à Anza-Borrego, mais le parc ne diffuse pas tous les emplacements pour protéger ces sites anciens. L’endroit le plus facile pour admirer ces œuvres est le Pictograph Trail, dans la vallée de Little Blair. Les voitures peuvent accéder au point de départ du chemin de randonnée, et une marché aisée conduit jusqu’à une vue sur un rocher décoré de lignes en zigzag et de losanges rouges et jaunes, peints il y a près de 2 000 ans par la tribu nomade des Kumeyaay.