Se è noto come lo Smithsonian dell'Ovest c'è un motivo: il Balboa Park include un'ampia gamma di istituti interessanti, con specializzazioni che attrarranno praticamente ogni genere di mente curiosa.
Il San Diego Museum of Art è solo uno dei tanti musei di belle arti del Balboa Park, ma considerato che è il più grande e il più vecchio, è un buon punto di inizio. La raccolta include pezzi dal 5000 AC ai giorni nostri, tutti ospitati dietro una complessa facciata ideata per riprodurre una cattedrale spagnola. Il Timken Museum of Art, a ingresso gratuito, offre una collezione simile, ma in uno spazio ridotto. Nel Museum of Photographic Arts, i visitatori possono contemplare le oltre 24.000 fotografie nella collezione permanente oppure visitare il Mingei International Museum che celebra la bellezza negli oggetti ordinari, come tessuti e tazze.
Chi è incuriosito dall'ingegneria apprezzerà i musei del parco dedicati al modo in cui funzionano gli oggetti. Il San Diego Air & Space Museum ospita un impressionante numero di esemplari originali e repliche di velivoli come Apollo 9, Wright Glider e Super Marine Spitfire, per nominarne alcuni, che aiutano i visitatori a comprendere la meraviglia del volo. I fanatici di auto non possono perdersi il San Diego Automotive Museum, in cui si può vedere una Cadillac del 1947 che detiene ancora il record di guida da San Diego a New York e ritorno senza fermarsi. Per comprendere meglio la fisica che sta dietro alle auto, visitate il Fleet Science Center per vedere mostre interattive adatte ai bambini (e agli adulti) di tutte le età, mentre bambini e i train spotter ameranno sicuramente il Model Railroad Museum. Alcuni bambini sosterranno che anche la giostra Herschell-Spillman del 1910 del parco, vicino all'Activity Center, è un museo.
Altri due luoghi da non perdere sono il San Diego Natural History Museum, che consente ai visitatori di impersonare un archeologo con scheletri di dinosauri e ossa di mastodonte. Il davvero unico San Diego Museum of Man è incentrato su una delle creature più peculiari della terra, con mostre a rotazione sulla convivenza con gli animali, il cannibalismo e l'invenzione di creature mitologiche.