サンディエゴは陸上、海上を問わず、カリフォルニア有数のホエールウォッチングエリアです。双眼鏡さえあれば、トーリーパインズ州立自然保護区やスクリップス海洋学研究所のバーチ水族館の海沿いの崖からクジラを見ることができます。両方ともサンディエゴのダウンタウンから北へ約20分ほどのラホヤにあります。カブリヨ国定公園の歴史ある灯台近くのホエールウォッチ展望台は、海抜128メートルの地点に位置しているため広々と海を見渡せ、ホエールウォッチングの理想的なスポットになっています。
クジラを間近に見たい方は、ホエールウォッチングクルーズに参加しましょう。サンディエゴ・ホエールウォッチの3時間クルーズは保証付きで、クジラもイルカも見られなかった場合は別の日に無料でクルーズに参加できます。フラグシップ・ホエールウォッチング・クルーズも同様の保証付きです。 H&Mランディングはこの辺りの海域に現れるコククジラツアーを12月から3月まで催行しており、夏にはコロナド島へのツアーも行っています。コロナド島はサンディエゴ南東のメキシコ沖にある海洋保護区で、シロナガスクジラやゾウアザラシのほか、オルカも見つけることができます。ホーンブロワー・クルーズは、ボートに乗り慣れていない人には最適なオプションです。この会社のヨットはサイズと安定性共に業界最大規模で、最短1時間のクルーズから提供しています。ホエールウォッチング・クルーズは全て、USSミッドウェイ航空母艦博物館から数ブロック先にあるサンディエゴハーバーから出航します。